La Jolla Cove si trova al margine occidentale dell'unica riserva ecologica sottomarina della California, una zona protetta di 533 acri istituita nel 1971 per salvaguardare le foreste di kelp, le barriere rocciose e oltre 150 specie marine. La designazione di riserva proibisce la pesca e limita l'accesso all'oceano a nuotatori, subacquei e canoisti, creando condizioni in cui il damigella garibaldi — il pesce marino ufficiale dello Stato della California — pattuglia le secche insieme a squali leopardo e razze. Le sette grotte marine della baia, scavate dall'azione delle onde in oltre 25 milioni di anni attraverso strati di arenaria e conglomerato, formano un labirinto accessibile solo via acqua durante condizioni di mare calmo. La topografia sottomarina degrada dalle pozze di marea poco profonde a tre piedi fino a pareti di canyon che superano i 60 piedi a meno di cento iarde dalla riva. Il kelp gigante si ancora al substrato roccioso, creando foreste verticali che si innalzano per 30 piedi verso la superficie e offrono riparo a esemplari giovani di California sheephead, señorita wrasse e blacksmith chromis. Le foche comuni si riposano sulle rocce orientali tutto l'anno, mentre i leoni marini della California occupano la punta occidentale da maggio a ottobre, avvicinandosi spesso agli snorkelisti con curiosità investigativa. La temperatura dell'acqua varia da 57°F in inverno a 68°F a fine estate, con una visibilità che si estende da 15 a 30 piedi nelle mattine calme prima che i venti pomeridiani sollevino i sedimenti costieri. Le attività dei tour di snorkeling a La Jolla Cove differiscono notevolmente dalle escursioni sulle barriere tropicali. Le guide enfatizzano la navigazione attraverso i canali di risacca, l'identificazione di specie criptiche come polpi e murene nascoste nelle fessure e i protocolli di distanza di sicurezza attorno ai mammiferi marini protetti dal Marine Mammal Protection Act. L'integrità ecologica della riserva dipende dal rispetto delle politiche di non contatto: i nidi di garibaldi, contrassegnati da radure circolari nelle alghe, godono di protezione statale e disturbarli comporta multe sostanziali. La maggior parte delle avventure guidate di snorkeling a La Jolla parte dalla piccola spiaggia alla base di Coast Boulevard, dove gradini in cemento scendono verso una zona di ingresso protetta e al riparo dalle mareggiate oceaniche grazie a formazioni rocciose al largo.