La Jolla Cove se trouve à la limite ouest de la seule réserve écologique sous-marine de Californie, une zone protégée de 533 acres créée en 1971 pour préserver les forêts de varech, les récifs rocheux et plus de 150 espèces marines. La désignation de réserve interdit la pêche et restreint l'accès à l'océan aux nageurs, plongeurs et kayakistes, créant des conditions où les garibaldis — poisson marin officiel de l'État de Californie — patrouillent dans les bas-fonds aux côtés des requins-léopards et des raies chauves-souris. Les sept grottes marines de la crique, creusées par l'action des vagues sur 25 millions d'années à travers des couches de grès et de conglomérats, forment un labyrinthe accessible uniquement par l'eau lorsque le ressac est calme. La topographie sous-marine passe de cuvettes de marée peu profondes à un mètre à des parois de canyon dépassant 18 mètres à moins de 100 mètres du rivage. Le varech géant s'ancre au substrat rocheux, créant des forêts verticales qui s'élèvent de 9 mètres vers la surface et abritent des sébastes juvéniles, des labres señorita et des chromis blacksmith. Les phoques communs se reposent sur les rochers de l'est toute l'année, tandis que les lions de mer de Californie occupent la pointe ouest de mai à octobre, s'approchant souvent des snorkelers avec une curiosité inquisitrice. La température de l'eau varie de 14°C en hiver à 20°C à la fin de l'été, avec une visibilité s'étendant de 4 à 9 mètres lors des matins calmes avant que les vents de l'après-midi ne soulèvent les sédiments côtiers. Les opérations d'excursion de snorkeling à La Jolla Cove diffèrent radicalement des excursions sur les récifs tropicaux. Les guides mettent l'accent sur la navigation à travers les chenaux de ressac, l'identification d'espèces cryptiques comme les poulpes et les murènes nichées dans les crevasses, et les protocoles de distance de sécurité autour des mammifères marins protégés par la loi sur la protection des mammifères marins (Marine Mammal Protection Act). L'intégrité écologique de la réserve dépend du respect des politiques de non-contact — les nids de garibaldi, marqués par des clairières circulaires dans les algues, bénéficient d'une protection au niveau de l'État, et les déranger entraîne des amendes substantielles. La plupart des aventures guidées en snorkeling à La Jolla partent de la petite plage au pied de Coast Boulevard, où des marches en béton descendent vers une zone d'entrée protégée des houles de haute mer par des formations rocheuses au large.