Die La Jolla Cove liegt am westlichen Rand des einzigen Unterwasser-Ökologieschutzgebiets Kaliforniens, einer 533 Acres großen Schutzzone, die 1971 eingerichtet wurde, um Seetangwälder, felsige Riffe und über 150 Meeresarten zu bewahren. Die Ausweisung als Schutzgebiet verbietet das Fischen und beschränkt den Zugang zum Ozean auf Schwimmer, Taucher und Kajakfahrer. Dies schafft Bedingungen, unter denen Garibaldi-Fische – Kaliforniens offizieller Staats-Meeresfisch – neben Leopardenhaien und Stechrochen durch die Untiefen patrouillieren. Die sieben Meereshöhlen der Bucht, die über 25 Millionen Jahre hinweg durch Welleneinwirkung in Sandstein- und Konglomeratschichten geformt wurden, bilden ein Labyrinth, das bei ruhiger See nur über das Wasser zugänglich ist. Die Unterwassertopografie fällt von flachen Gezeitentümpeln in einem Meter Tiefe bis zu Canyonwänden ab, die weniger als hundert Meter vom Ufer entfernt über 18 Meter in die Tiefe reichen. Riesen-Seetang verankert sich am felsigen Untergrund und bildet vertikale Wälder, die bis zu 9 Meter zur Oberfläche hinaufwachsen und jungen kalifornischen Schafsköpfen, Señoritafischen und Blacksmith-Chromis Schutz bieten. Seehunde sonnen sich das ganze Jahr über auf den östlichen Felsen, während kalifornische Seelöwen von Mai bis Oktober die westliche Landspitze besetzen und sich Schnorchlern oft neugierig nähern. Die Wassertemperatur reicht von 14°C im Winter bis zu 20°C im Spätsommer, bei einer Sichtweite von 5 bis 9 Metern an ruhigen Vormittagen, bevor die Nachmittagswinde den Küstensediment aufwirbeln. Der Betrieb von Schnorchel-Touren in der La Jolla Cove unterscheidet sich deutlich von tropischen Riffausflügen. Reiseführer betonen die Navigation durch Brandungskanäle, die Identifizierung kryptischer Arten wie Kraken und Muränen, die in Felsspalten versteckt sind, sowie Sicherheitsprotokolle in Bezug auf den Abstand zu Meeressäugern, die unter dem „Marine Mammal Protection Act“ geschützt sind. Die ökologische Integrität des Reservats hängt von der Einhaltung der „Nicht-Berühren-Politik“ ab – Garibaldi-Nester, die durch kreisförmige Lichtungen in den Algen markiert sind, stehen unter staatlichem Schutz, und ihre Störung führt zu erheblichen Geldstrafen. Die meisten geführten Schnorchelabenteuer in La Jolla starten am kleinen Strand am Fuße des Coast Boulevard, wo Betontreppen zu einer geschützten Einstiegszone hinabführen, die durch vorgelagerte Felsformationen vor der offenen Ozeandünung geschützt ist.