La Jolla Cove situa-se na extremidade ocidental da única reserva ecológica subaquática da Califórnia, uma zona protegida de 533 acres estabelecida em 1971 para salvaguardar florestas de algas, recifes rochosos e mais de 150 espécies marinhas. A designação de reserva proíbe a pesca e restringe o acesso ao oceano a nadadores, mergulhadores e praticantes de caiaque, criando condições onde o peixe-donzela garibaldi — o peixe marinho oficial da Califórnia — patrulha as águas rasas ao lado de tubarões-leopardo e raias-bat. As sete grutas marinhas da enseada, esculpidas pela ação das ondas ao longo de 25 milhões de anos através de camadas de arenito e conglomerado, formam um labirinto acessível apenas pela água durante condições de mar calmo. A topografia subaquática desce de poças de maré rasas a três pés até paredes de cânion que excedem 60 pés a cem jardas da costa. As algas gigantes ancoram-se no substrato rochoso, criando florestas verticais que sobem 30 pés em direção à superfície e abrigam juvenis de peixe-ovelha da Califórnia, bodiões e castanhetas. Focas-comuns descansam nas rochas orientais durante todo o ano, enquanto leões-marinhos da Califórnia ocupam o ponto ocidental de maio a outubro, aproximando-se frequentemente dos praticantes de snorkel com curiosidade investigativa. A temperatura da água varia de 57°F no inverno a 68°F no final do verão, com visibilidade estendendo-se de 15 a 30 pés nas manhãs calmas antes que os ventos da tarde agitem os sedimentos costeiros. As operações de tour de snorkel em La Jolla Cove diferem drasticamente das excursões em recifes tropicais. Os guias enfatizam a navegação através de canais de ressaca, a identificação de espécies crípticas como polvos e moreias escondidos em fendas, e protocolos de distância segura em torno de mamíferos marinhos protegidos pela Lei de Proteção de Mamíferos Marinhos. A integridade ecológica da reserva depende da conformidade com as políticas de não tocar — os ninhos de garibaldi, marcados por clareiras circulares nas algas, possuem proteção a nível estadual, e perturbá-los acarreta multas substanciais. A maioria das aventuras guiadas de snorkel em La Jolla parte da pequena praia na base da Coast Boulevard, onde escadas de concreto descem para uma zona de entrada protegida, isolada das ondas do oceano aberto por formações rochosas offshore.